EMBL er en af verdens førende forskningsinstitutioner indenfor grundforskning i molekylærbiologi og er finansieret af offentlige forskningsmidler fra over 20 medlemslande. Det består af cirka 85 uafhængige forskningsgrupper, som dækker et bredt spektrum af molekylærbiologi.

Disse grupper er fordelt over hovedlaboratoriet i Heidelberg samt fire såkaldte “outstations” i Hinxton (nær Cambridge), Grenoble, Hamborg og Monterotondo (nær Rom).

EMBL har et meget interdisciplinært og internationalt forskningsmiljø som består af i alt 1400 medarbejdere fra 60 forskellige lande og med baggrund i biologi, kemi, fysik og datalogi. Forskningen på EMBL fokuserer på eksperimentiel analyse af biologisk organisering på flere planer – fra molekyler til organismer – såvel som bioinformatik og system biologi.